Суть дела
ООО предоставило налоговую декларацию по НДС за четвертый квартал 2023 года. В ходе камеральной проверки налоговый орган вынес решение № 4324 от 05.07.2024 о доначислении НДС в сумме 19 086 369 рублей, а также о наложении штрафа согласно п. 1 ст. 122 НК РФ. Основанием для этого стал переход организации на УСН с 01.01.2024 (уведомление от 06.12.2023) без возмещения НДС, ранее принятого к вычету во втором квартале 2022 года (в соответствии с пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ).
Компания оплатила основную сумму долга, однако не согласилась с решением налоговой инстанции и требованием о начислении пени и штрафов. Представители организации заявили об отсутствии уведомления о переходе на упрощенную систему налогообложения: электронная подпись была использована бухгалтером без соответствующего разрешения, а руководитель компании не давал своего согласия.
Решения судов
Суды не поддержали заявленные требования. Основанием послужило то, что уведомление о переходе на упрощенную систему налогообложения было подписано с использованием квалифицированной электронной подписи руководителя. В соответствии с законом «Об электронной подписи» такая подпись равнозначна собственноручной, а ответственность за обеспечение безопасности ключа лежит на его владельце. Утверждение о несанкционированном использовании подписи было отклонено, поскольку это рассматривается как внутренние риски организации, не затрагивающие ее обязательства перед налоговыми органами.
Общество не предоставило документального подтверждения попытки отказа от УСН через ИФНС № 9 со ссылкой на пункт 3 статьи 346.14 Налогового кодекса РФ, поскольку не было доказано участие в договоре простого товарищества, которое бы давало на то основание. Таким образом, применение УСН и восстановление НДС является обязательным для общества на протяжении всего 2024 года.
Выводы
Налогоплательщик, выбравший специальный налоговый режим, должен вернуть суммы НДС, ранее вычтенные и относящиеся к товарам (работам, услугам), не использованным в операциях, подлежащих обложению, до момента перехода. Невыполнение оплаты или любые другие факторы не освобождают от выполнения этого требования.
Ответственность за риски, связанные с использованием электронной подписи, несет ее владелец. Судебные инстанции постоянно отказывают в аргументах о передаче подписи третьим лицам без соответствующего разрешения. Квалифицированная электронная подпись приравнивается к собственноручной подписи руководителя, а внутренние нарушения, такие как разглашение ключа, не избавляют организацию от налоговых обязательств.
Налогоплательщик, предоставивший уведомление о переходе на упрощенную систему налогообложения (даже если он считает это сообщение ошибочным), не вправе отказаться от выбранной системы налогообложения в течение налогового периода, за исключением установленных законом исключительных ситуаций, таких как потеря права на применение УСН. Судебные органы отклоняют попытки внести изменения в объект налогообложения или режим налогообложения с обратной силой.
Источник – постановление Арбитражного суда Московского округа от 23 марта 2026 года по делу № А41-108246/2024.