Если данные бухгалтерии об уплате налогов не будут соответствовать данным ФНС, не исключена вероятность начисления пени и штрафов, или, наоборот, переплаты налогов с вашей стороны.
На вопрос о том, что делать, если сальдо по ЕНС отражено неправильно, Минфин ответил а письме от 30.05.2024 №03-02-08/4993. Ответ, в общем-то простой, провести сверку и обжаловать акт, если потребуется.