Возмещение расходов на исполнение контракта включается в налоговую базу по НДС.
Пунктом 1 статьи 154 Налогового кодекса РФ установлено, что налоговая база по НДС рассчитывается как стоимость реализованных товаров, работ, услуг, исчисленная исходя из цен, определяемых по статье 105.3 НК РФ с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в них налога. Если проводится сделка между взаимозависимыми лицами, применяются рыночные цены.
Налоговая база по НДС в отношении работ, цена которых формируется в том числе с учетом стоимости работ (услуг), приобретаемых у специализированных организаций, определяется как договорная цена этих работ. Исчисление НДС по отдельным составляющим договорной цены НК РФ не предусмотрено.
На основании подпункта 2 пункта 1 статьи 162 НК РФ налоговая база по НДС увеличивается на суммы денежных средств, полученные за реализованные товары (работы, услуги) в счет увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).
Таким образом, денежные суммы, полученные как возмещение расходов, понесенных в связи с исполнением контракта на выполнение работ, нужно включать в налоговую базу НДС, поскольку такие денежные средства связаны с оплатой реализованных организацией работ, облагаемых НДС.