Обязанность по уплате НДС в бюджет возлагается на продавца, работающего УСН, только в том случае, если он выставил счета-фактуру с выделенной суммой налога.
Согласно п. 2 и 3 ст. 346.11 НК РФ организации и ИП, работающие на упрощенной системе налогообложения, не признаются плательщиками НДС, за исключением НДС, который платится при ввозе товаров на территорию РФ в соответствии со статьей 174.1 НК РФ.
В большинстве случаев упрощенцы не составляют счета-фактуры и обходятся без них при проведении практически всех операций, кроме импорта. Но, если по договоренности с партнерами бухгалтерия фирмы на УСН выставила или приняла счет-фактуру с выделенной суммой НДС, налог нужно заплатить в бюджет в общем порядке (п. 5 ст. 173 НК РФ).
Эта позиция не только закреплена в НК РФ, но и поддержана решениями высших судов: в постановлении КС РФ от 03.06.2014 № 17-П и Определениях от 29.03.2016 года № 460-О, от 27.05.2021 № 1095-О.
Именно наличие счета-фактуры, принятого или выставленного упрощенцем, является основанием для уплаты НДС в бюджет.