Согласно пункту 10 статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации, вышестоящий налоговый орган ФНС имеет право осуществлять повторную проверку в целях контроля за деятельностью нижестоящего налогового органа. Однако, в определенных ситуациях, вышестоящий орган (УФНС) может участвовать в первичной проверке, инициированной ИФНС. Возникает вопрос о правомерности проведения УФНС повторной проверки того же налогоплательщика за тот же период времени в рамках контроля за ИФНС, поскольку в таком случае мероприятие фактически дублируется практически одними и теми же сотрудниками. Ответ на этот вопрос был предоставлен Верховным судом РФ
Суть дела
ООО «Нефтегазстрой» обратилось с жалобой на решение УФНС по Республике Башкортостан от 27 мая 2024 года о проведении повторной выездной налоговой проверки и на действия, предпринятые в процессе ее реализации.
В ходе повторной проверки, проведенной ФНС, деятельность ООО была изучена за тот же период (2021 год), что и при первичной проверке. В результате налогоплательщик уже оплатил ранее доначисленные суммы НДС, составившие 34,7 млн рублей. Однако, в процессе контрольной надстройки налоговые органы вновь обнаружили нарушения, повлекшие за собой доначисление компании дополнительных сумм в размере 477,7 млн рублей по НДС и налогу на прибыль.
ООО оспорило решение о доначислениях, указав на отсутствие законных причин для проведения повторной проверки. В своей жалобе компания подчеркнула, что изначально проверку осуществляло не территориальное подразделение (Межрайонная ИФНС № 29), а непосредственно УФНС (более половины проверяющих были его сотрудниками, и именно они осуществляли координацию).
Решения судов
Заявителя поддержали суды всех трех инстанций – первой, апелляционной и кассационной, посчитав решение налогового органа неправомерным.
Верховный Суд Российской Федерации не поддержал решения предыдущих судов и отменил все вынесенные по данному делу постановления.
В соответствии с пунктом 10 статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации, вышестоящий орган имеет право осуществлять повторную проверку в рамках контроля за работой нижестоящего налогового органа.
Участие налоговой службы в первоначальной проверке, выразившееся в направлении служебных поручений, запросе документов и координации процесса, не является основанием для отказа в проведении повторной проверки и не ущемляет законные интересы налогоплательщика. Подобное ограничение не предусмотрено законодательством.
Несмотря на то, что суды посчитали неправомерным само решение о проведении проверки, компания имеет возможность оспорить окончательный результат, полученный в ходе повторного контроля, и таким образом защитить свои интересы.
Выводы
Участие контролирующего органа более высокой инстанции в проведении первичной налоговой проверки не исключает его полномочий по осуществлению повторной проверки за аналогичный период. При этом, определяющим фактором является соответствие установленным требованиям статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации, а не распределение обязанностей между инспекцией и вышестоящим органом на начальном этапе.
В таких ситуациях налогоплательщик не имеет возможности предотвратить проверку на этапе ее инициирования, но ему остается право обжаловать размер доначисленных сумм после завершения всех проверочных действий.
Источник – решение Верховного Суда Российской Федерации от 18 марта 2026 года, дело № 309-ЭС25-9697 по делу № А07-18520/2024.
