Если инспекторы не смогли взыскать налог и пени, то суммы, по которым истек срок взыскания, исключаются из баланса Единого налогового счета (ЕНС). Баланс ЕНС необходимо изменить на сумму долга, если суд не восстановит пропущенный срок взыскания.

Начиная с 2023 года, начисление пени за неуплату налогов осуществляется при возникновении отрицательного остатка на Едином налоговом счете (ЕНС):

• Налоговый орган формирует и отправляет запросы в течение восьми рабочих дней.
• В соответствии со статьей 46 Налогового кодекса Российской Федерации, налоговый орган принимает решение о взыскании в течение двух месяцев).
• В случае неисполнения требования в течение двух месяцев принимается решение о взыскании средств со счетов, включая банковские, электронные и цифровые рублевые).
• Или изъятие денежных средств с банковских счетов, либо арест имущества.
• В случае нехватки средств для внесения платежей в ЕНС, можно обратиться в суд в шестимесячный срок после окончания периода исполнения требования.

Право налоговых органов на взыскание задолженностей прекращается, если:

• пропустили срок принятия решения о взыскании недоимки (в течение 2 месяцев после истечения срока требования, ст. 46 НК РФ);
• не обратилась в суд в течение шести месяцев после истечения срока исполнения требования об уплате задолженности (ст. 46 НК РФ).

По мнению Конституционного Суда РФ, выраженному в определении от 17 февраля 2015 г. № 422, пени являются производными от налога. В случае утраты налоговым органом права на взыскание налога, право на взыскание соответствующих пени также прекращается.

В случае, если недоимка по налогам признана невозмещаемой, взыскание пени не допускается. Налоговый орган обязан:

• исключить из сальдо ЕНС долги по налогам и пени, которые не подлежат взысканию;
• восстановить сумму недоимки на ЕНС, если есть распоряжение суда.

Судебное решение

Арбитражный суд 13-го апелляционного округа от 28 февраля 2026 года вынес Постановление № 13-ААС от 28.02.2026 по делу № А42-3359/2025, в котором решался вопрос о законности пересчета и взыскания налоговым органом пени за прошлые периоды.

В 2023 году организация предоставила уточненные декларации по НДС за первый и второй кварталы 2020 года. В результате проверки налоговый орган доначислил налог на единый налоговый платеж. Компания произвела погашение возникшей задолженности в декабре 2023 года.

В январе 2025 года налоговая служба направила уведомление о необходимости уплаты долга, в котором было указано о начислении пеней. Сумма была скорректирована с учетом расчета по ставке 1/150 ключевой ставки на просроченную задолженность сроком свыше 30 дней (за период с декабря 2017 года по март 2022 года). Пересчет был произведен за неуплату в сроки за периоды с 12 июня 2020 года по 8 марта 2022 года вследствие представления уточненных деклараций.

Решение суда не поддержало действия налоговых органов и их интерпретацию Налогового кодекса. Суд указал, что в Налоговом кодексе не предусматривалось ограничений на применение ставки 1/150 до 9 марта 2022 года, а также констатировал истечение срока для реализации принудительных мер взыскания.

Налоговый кодекс РФ не содержит прямого запрета на пересчет пени, что позволяет доначислять их даже после окончания срока действия принудительных мер по взысканию (подпункт 4 пункта 1 статьи 59 НК РФ).